用於醫療的運動治療的方法很多，與物理治療相關的方法包括伸展運動(flexibility exercise)、主動運動(active exercise)、阻力運動(resisted exercise)、耐力運動(endurance exercise)、呼吸運動(breathing exercise)、平衡及協調運動(balance and coordination training)、功能性運動(functional training)、神經誘發運動(facilitation exercise)、模組化運動(special exercise)等手法。物理治療師使用這些運動方法，乃針對不同的人體組織不同的失能情形，提供特定的運動方式及模組，以改變其生理現象。譬如健身房中常見的啞鈴運動，大家都知道可以增進肌力，這就是阻力運動中的一種。亦即針對一個或一群特定的肌肉，定期施以阻力訓練，故能達到增進肌力的目的。然而並非所有的肌肉都可以使用啞鈴訓練，或者用最重的啞鈴就可以最快的訓練肌力。訓練不當會使所訓練的肌肉或臨近組織受傷。

因此了解運動治療的概念相當容易，但判斷使用運動治療的時機、方法、以及模組化的運用，則是需要物理治療專業的訓練。