百日咳是由百日咳桿菌所引起的疾病。百日咳沒有流行季節，一年四季都可能發生，病患多半是5歲以下兒童，好發年齡主要在6個月以下嬰幼兒，其他年齡層病患大多症狀輕微。
百日咳為百日咳桿菌侵犯呼吸道引起的急性細菌性疾病，得過百日咳後通常可以獲得較長期之免疫力，但無研究顯示可終生免疫。大部份病患都不會引起併發症，但是營養狀況不良病患與併有許多腸道及呼吸道感染的病患及6個月以下嬰幼兒是併發症與死亡的高危險群。
百日咳的主要傳染途徑是飛沫傳染。
由於台灣常規疫苗接種率高，目前百日咳病患，大多是哥哥姊姊或父母等長輩帶菌回家，散播給尚無免疫力的家中幼兒。
典型百日咳的潛伏期約6～20天，一般為9～10天。
臨床症狀最明顯特徵為病患的咳嗽聲。
其他症狀包括：
發病早期（潛伏期或黏膜期）使用抗生素可有效減輕症狀，但若已進入陣發期，雖無法減輕症狀，但可有效縮短傳染時間。
家中有6個月以下幼兒者之民眾，持續咳嗽二週以上，應提高警覺，避免與家人密切接觸，並戴上口罩儘速就醫，以利及時治療。
目前政府提供2個月、4個月、6個月及18個月大幼兒免費接種白喉、破傷風、非細胞性百日咳、b型嗜血桿菌及不活化小兒麻痺五合一疫苗並提供乙劑減量破傷風白喉非細胞性百日咳混合疫苗於國小一年級入學新生。
