肉毒桿菌為極厭氧之產孢桿菌，其所產生之毒素是致病因子。大部分案件屬A、B、E型毒素，極少數為F與G型。E型案件通常與魚類、海產品和海洋哺乳動物之肉類有關。毒素之產生是由於食品處理或保存不當，醃製食品酸度不足或鹼性食物，低溫殺菌和輕微醃後沒有冷藏保存（尤其是在封緊的容器內）。此毒素不耐熱，經煮沸後毒力會消失，但是要破壞孢子則須甚高溫度，E型毒素在低溫3℃時亦會慢慢地產生。大部分嬰兒肉毒桿菌中毒為A或B型毒素引起。
食因性肉毒桿菌中毒：製罐時殺菌不完全或烹飪不充分，在厭氧情形下，此菌會產生毒素，攝食後引起傳統型肉毒桿菌中毒。其他案件以家庭式之醃製蔬菜、水果、魚、肉類、香腸、海產品等為主。
創傷型肉毒桿菌中毒：大多來自二次感染，傷口處遭受細砂、泥土之污染，長期濫用藥物成癮者亦會發生。
嬰兒肉毒桿菌中毒：來源為攝食含此菌孢子之食品，而非因食品中有此毒素。孢子存在於食品及灰塵中，蜂蜜偶亦含此孢子。
其他型肉毒桿菌中毒：不當的醫療行為。
食因型肉毒桿菌中毒之神經性症狀通常於12～36小時間出現，但亦有數天後才發作。潛伏期愈短病情通常愈嚴重，死亡率愈高。嬰兒肉毒桿菌中毒之正確潛伏期目前尚不清楚。
其症狀從便秘開始，昏睡、倦怠、食慾不振、眼瞼下垂、吞嚥困難、失去頭部控制、肌肉張力低下及全身性虛弱，有時會發展至呼吸無力衰竭而死亡。此症有很廣泛的特徵及嚴重程度，從輕微至突然死亡。
如有出現疲倦、眩暈、視力模糊、眼瞼下垂、口乾舌燥、吞嚥困難及講話困難等症狀時，應儘速就醫，由醫師診斷可能的發病原因。
醫療單位通報後由疾病管制局提供肉毒桿菌抗毒素給予治療，抗毒素只能阻止症狀的持續惡化，無法完全治癒。須數月的時間，待已經受損的末梢神經恢復才能復原。除了抗毒素的治療，呼吸器等支持性療法亦甚為重要，若未經醫療介入，死亡率相當高。
